Quan s’assabenta que la seva estimada tieta Lucy ha desaparegut de la llar de jubilats on viu, l’os Paddington decideix tornar al Perú, acompanyat de la família Brown. Partint de l’única pista de què disposen (un punt marcat en un mapa), inicien un viatge a través de la selva amazònica per mirar de localitzar la tia. Però el viatge prendrà un gir inesperat quan, sense haver-s’ho proposat, es vegin involucrats en la recerca d'El Dorado, el llegendari regne d'or.