El santuari del Sant Crist va see construït sobre l'antiga església d'Almatà, que, al seu torn, va substituir la mesquita principal de la ciutat andalusina. Després de la conquesta cristiana l'any 1105 la mesquita va ser dedicada a Santa Maria esdevenint la parròquia principal de la ciutat fins el 1351 quan es va entregar l'església a les monges clarisses que van aixecar-hi el convent adjacent.

La primera reforma de l'església es va realitzar el 1610 i va implicar la demolició de les parets, llavors es va crear l'entrada actual. L'altar major va ser traslladat des de la porta que avui en dia mira cap al riu fins a la seva ubicació actual. A la zona que mira cap a l'interior del Pla d'Almatà encara hi podem veure l'accés primitiu, coronat amb un rosetó, a l'antiga església de Santa Maria d'Almatà.

Quan la imatge del Sant Crist va ser traslladada al nou altar major, el 22 de març de 1626, l'església va començar a ser coneguda com l'església del Sant Crist.

Arran de la gran quantitat de pelegrins que venien a visitar la imatge, el 1787 va tenir lloc la segona expansió de l'església. De fet, l'església va adquirir la seva forma actual amb aquesta remodelació, només la façana, que no era tan espectacular com l'actual, va modificar-se posteriorment; llavors només tenia una gran finestra al centre i un petit campanar de cadireta.

La construcció de la façana actual va començar el 1912 sota la direcció de l'arquitecte Bernat Pijoan. El 1930, coincidint amb la finalització de l'obra, van iniciar-se les feines per connectar la carretera Tremp amb el santuari així com la construcció del camí del Calvari. El 1951 es va construir un nou retaule i es va pavimentar la nau, el 1972 també es va renovar el cancell.